Сегодня в университете функционируют две магистерские программы по направлению «Лингвистика». Очная программа «Иностранный язык и межкультурная профессиональная коммуникация» (с 2014 года) и заочная программа «Язык медицины: коммуникация в медиасреде» (с 2021 года) предоставляют студентам возможность освоить уникальные компетенции в области профессионального устного и письменного общения на русском и иностранном языках. В заочной программе сделан акцент на взаимодействие «врач — пациент», в том числе в широко распространенном сегодня медиаформате.
В 2022–2023 учебном году университет запустил программу бакалавриата «Язык. Информация. Коммуникация» по направлению «Лингвистика», где впервые в истории Сеченовского университета изучается китайский язык, а в 2023–2024 году в зону ответственности Института лингвистики и межкультурной коммуникации перешла программа бакалавриата «Интеллектуальные системы в гуманитарной сфере» с профилем «Лингвистика и медицина».
Университет ежегодно выполняет государственное задание по набору студентов на лингвистические программы магистратуры и бакалавриата, сохраняя стабильный конкурс на бюджетные места.